GreenSeas s’organise en 4 volets de recherches :
- Volet 1 (WP1) – Saisir et historiciser la diversité des expériences de l’eutrophisation
- Volet 2 (WP2) – Caractériser les dynamiques biophysiques, dans l’espace et dans le temps, le long du continuum terre-mer
- Volet 3 (WP3) – Retracer l’institutionnalisation de la gouvernance de l’eutrophisation et ses instruments, à différents niveaux d’organisation
- Volet 4 (WP4) – Identifier les propriétés émergentes du socio-écosystème et périodiser son fonctionnement
A ses 4 volets de recherche thématiques s’ajoute un 5ème volet dédié à la coordination du projet et à l’organisation des interactions avec les partenaires.